L’article 6 de la directive 2011/92/CE du 13 décembre 2011 impose une séparation fonctionnelle dans le cas où l’autorité publique compétente pour autoriser un projet est en même temps chargée de la consultation en matière environnementale. Le Conseil d’État, dans un arrêt France nature environnement de 2017, avait jugé que, lorsque le préfet de région est compétent pour autoriser les projets, les services placés sous son autorité ne disposaient pas d’une autonomie réelle pour donner un avis (CE 6 déc. 2017, n° 400559, Dalloz actualité, 13 déc. 2017, obs. J.-M. Pastor ; Lebon T. p. 499 et 691 
; AJDA 2017. 2437 ). En revanche, la mission régionale d’autorité environnementale du Conseil général de l’environnement et du développement durable peut être regardée comme disposant, à l’égard du préfet, d’une autonomie réelle lui permettant de rendre un avis environnemental (CE 20 sept. 2019, n° 428274, Ministre de la transition écologique et solidaire, Dalloz...
